于2007年7月播出的纯爱电波TV动画播出后受到了一大批FANS的追捧，于是官方决定出第二季。但是这个第二季实在让人大跌眼镜，从原来的爱情主题转换到了打斗上。新作定名为《Mission-E》，故事发生在原作5年后，主角换成一个叫君冢麻织的女孩，第一部中的主人公海老原千波美沦为配角，变身战斗大片即将拉开序幕……
离现今不久未来的日本。
TYPE-E能力者们，并没有察觉到自己的力量生活着……。
自己周围的电器用品总是莫名其妙的坏掉，为此陷入烦恼OL?美晴。
某一天，在她住的地方出现了数名男性，说着危险就要来了，想把美晴一起带走。
就在这时穿着闪烁着红色光芒的紧身衣的女子二人组英姿飒爽的出现了！
在双方持续着枪击和搏斗时，男子们采用暴力手段想要把美晴带上车。
但是，拥有拔群的身体能力的女性二人组打到了男子们，救下了美晴。
女性二人组的真面目是……平时很少说话的TYPE-E能力者，君冢麻织?17岁和乐天派TYPE-E能力者，海老原千波美?22岁（第一部『CODE-E』女主角）。
两人开始慢慢说起了关于TYPE-E能力者的事……
麻织和千波美所属的为了让TYPE-E能力者适应社会的“OZ”组织
和刚才那些男子所属的标榜着将TYPE-E能力者隔离，管理的“foundation”组织正处在敌对立场。
固执的追寻着的foundation！华丽的并且善良的包容这一切的OZ！
围绕着TYPE-E能力者，各种各样的想法错综复杂的交汇着。
命运究竟是……对立！？还是共存！？

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