版本一

清朝末年，广东一带华洋交接，各路英雄趁势而起。黄飞鸿（李连杰饰）携十三姨（关之琳饰）、梁宽（莫少聪饰）赴广州参加医学会议，遭遇白莲教纠党逞恶，借「扶清灭洋」口号妖言惑众，利用民族情绪对付洋人，捣乱使馆、教堂等洋人地盘，连就读洋校的小学生也不放过，原来是满清大臣纳兰元述（甄子丹饰）包庇其用来对付革命党。飞鸿在国际医学会议中讲述中医原理，孙文（张铁林饰）自愿作其翻译，二人因此一见如故，飞鸿发觉他们对救国更具远见，元述追捕革命志士，恰逢孙文，陆皓东（姜大卫饰）等人躲在英国领事馆，元述利用白莲教冲入领事馆肆虐一番。飞鸿决助他们逃过卮运，遂直捣白莲教总坛，为救孙文、陆皓东脱险，又死战元述……

版本二

飞鸿(李连杰)与十三姨(关之琳)、梁宽(莫少聪)在广州遇到白莲教徒借「扶清灭洋」口号，捣乱使馆、教堂等洋人地盘也不放过，原来是大臣纳兰元述(甄子丹)包庇用来对付革命党。黄在一医学会议中，与革命领袖孙文(张铁林饰)一见如故，发觉他们对救国更具远见，决助他们一把逃过卮运。黄飞鸿有感时势逆转，遂直捣白莲教总坛，决胜九宫真人(熊欣欣)，藉此拨开迷信假象。黄飞鸿又奋慨智末开，国运的衰竭，不惜投身与元述死战，为孙文(张铁林)，陆皓东(姜大卫饰)等人保驾护航……